Melanjutkan kisah Baahubali pertama, dimana Mahendra (Prabhas) ingin menggetahui kematian Ayahnya. Amarendra Baahubali (Prabhas) dinobatkan menjadi raja Mahishmati yang membuat Bijjaladeva (Nassar) marah sebab dia menginginkan putranya Bhallala Deva (Rana Daggubati) yang menjadi raja.
Sivagami (Ramya Krishnan) memberikan misi untuk Amarendra sebagai penerus raja melakukan perjalanan melihat kondisi rakyatnya agar dapat memahami masalah yang ada.
Dalam misinya dia ditemani oleh Kattappa (Satyahraj). Dalam perjalanannya Amarendra bertemu dengan ratu kerajaan Kuntala yaitu Devasena (Anushka Shetty) yang diserang oleh para perampok. Devasena menunjukkan kemampuannya dengan menghancurkan pasukan para perampok yang mengganggunya.
Amarendra jatuh hati terhadap Kuntala. Amarendra yang ditemani oleh Kattappa berpura-pura menjadi orang biasa dengan meminta kepada Devasena yang ditemani pamannya Kumara Varma (Subbaraju) mengajarkannya menjadi prajurit.
Amarendra bersama Kattappa tiba dikerajaan dan dia berpura-pura belajar kepada Kumara. Dihadapan Devasena dan lainnya, Kumara berupaya menunjukkan kemampuannya mengajarkan Amarendra membelah kayu. Hal ini membuat Devasena curiga kepada Amarendra telah membantu Kumara melakukan hal tersebut sebab Devasena menyadari kekuatan Kumara yang lemah.
Devasena lalu mengajak Kumara untuk bertarung memburu Babi. Amarendra yang berada di dalam kereta Kumara, membantu Kumara memenangkan pertarungan tanpa sepengetahuannya agar Devasena tidak menaruh curiga terhadap Amarendra.
Namun Devasena tetap curiga kepada Amarendra dengan melihat telapak tangannya yang membuktikan Amarendra adalah seorang petarung. Amarendra menjelaskan kepada Devasena bahwa ibunya sering menyuruhnya bekerja di ladang. Devasena pun percaya Amarendra orang biasa setelah sapi menghantam tubuh Amarendra hingga terluka.
Di kerajaan Mahismathi, Bhallala berencana untuk menikah dengan Devasena berharap dia dapat memanfaatkan hubungan tersebut. Sivagami mengetahui hal tersebut, sehingga Sivagami mengirim prajuritnya mengirim sejumlah emas sebagai tanda untuk melamar Devasena. Hanya saja Devasena menolak sehingga membuat Sivagami marah dia pun bersumpah akan menghancurkan kerajaan Kuntala.
Pasukan kerajaan Mahismathi menyerang kerajaan Kuntala sehingga Amarendra membuktikan kemampuannya membantu Devasena menghadapi prajurit Mahismathi sehingga mereka berhasil memukul mundur prajurit kerajaan Mahishmati.
Amarendra menjelaskan kepada Devasena bahwa dia adalah Amarendra Baahubali sehingga membuat Devasena dan lainnya tunduk kepada Baahubali. Amarendra lalu bersumpah kepada Devasena akan membela kerajaannya.
Amarendra menemani Devasena menuju kerajaan Mahismathi untuk bertemu dengan Sivagami. Dihadapan Sivagami dan lainnya, Amarendra menjelaskan kepada Sivagami bahwa dia akan menikahi Devasena sehingga membuat Sivagami terkejut.
Karena Amarendra ingin menikahi Devasena yang telah menghina Sivagami, Amarendra bukan lagi sebagai pewaris tahta sehingga tahta kerajaan jatuh ke tangan Bhallala. Di hari pelantikan Bhallala penduduk kerajaan tidak menyukai hal tersebut namun Amarendra sanggup menenangkan mereka. Di hari berikutnya Amarendra melangsungkan pernikahannya dengan Devasena.
Suatu ketika Devasena dilecehkan oleh pengawal raja diapun marah dan melukai pengawal tersebut. Devasena pun mendapatkan penghakiman. Di saat penghakiman, Amarendra marah dengan membunuh pengawal tersebut dihadapan Bhallala dan menterinya.
Sivagami yang telah terhasut oleh Bijjaladeva, memutuskan bahwa Amarendra telah melakukan penghianatan sehingga harus dihukum mati namun karena dia telah banyak melakukan kebaikan, dibiarkan hidp dimana Amarendra menjadi rakyat biasa.
Amarendra dan Devasena hidup berdampingan dengan rakyat lainnya yang sangat menghormati Amarendra dan Devasena. Hari demi hari berlalu, Devasena mengandung anak Amarendra. Suatu ketika, Bijjaladeva dan Bhallala berupaya untuk membunuh Amarendra. Dimana keduanya membunuh Kumara yang ditipu oleh mereka.
Setelah itu Bhallala menjelaskan kepada Sivagami bahwa Amarendra telah menyuruh Kumara untuk melukainya sehingga Sivagami marah dan memerintahkan Katappa untuk membunuh Amarendra yang membuat Kattappa menolak sehingga Kattappa di hukum.
Amarendra mendengar kabar tersebut dia pun berusaha membantu membebaskan Kattappa namun dia serang sehingga Amarendra menjadi lemah. Kattappa meminta Amarendra untuk pergi, hanya saja Amarendra menolak dia meminta Kattappa untuk menjaga ibunya.
Seketika Amarendra terbunuh oleh Bhallala. Kattappa menuju kerajaan menjelaskan kepada Sivagami bahwa Amarendra telah tewas. Sivagami merasa bersalah dia pun berjanji akan menyelamatkan Mahendra Baahubali anak Devasena yang telah lahir. Sejak saat itu Mahendra mengetahui kematian ayahnya Amarendra.
Mahendra bersama dengan pasukannya pergi menuju kerajaan untuk melakukan balas dendam terhadap Bhallala. Pertarungan sengit terjadi, Mahendra yang sangat marah membuat Bhallala tidak berdaya.
Mahendra membawa Bhallala di tempat kayu kering yang dikumpulkan oleh Devasena selama bertahun-tahun yang kemudian, Devasena melemparkan api di atas kumpulan kayu kering tersebut sehingga Bhallala tewas terbakar. Kerajaan akhirnya jatuh ke tangan Mahendra Baahubali yang disambut oleh rakyatnya.
